杭州浩克生物二代測序服務項目內(nèi)容表：
樣品處理方法：
| 標本類型 | 取樣要求 | 保存溫度及送樣要求 |
| 血液 | 取足量血液后置于含有抗凝劑EDTA，并且用液氮預凍過的裝血管中，-80°C保存 | -80°C，干冰送樣 |
| 細胞 | 細胞懸浮，用Pbs清洗兩次，離心后去上清，用1mL的Trizol重懸浮，-80°C保存 | -80°C，干冰送樣 |
| 普通樣本（組織、糞便、土壤） | 新鮮樣本取樣后直接置于用液氮預凍過的離心管中，重放回液氮中速凍，然后-80°C保存 | -80°C，干冰送樣 |
| 病毒DNA，大量水樣 | 需提取DNA，-80°C保存 | -80°C，干冰送樣 |
真核轉錄組(有參/無參)分析常見問題：
1、能否通過轉錄組研究找到我想要的基因，以及它在不同樣本之間的表達差異?
可以，但前提是樣本物種中的確存在該基因。對轉錄組數(shù)據(jù)進行樣本間差異分析可以得到基因的表達量差異，以及差異是否顯著。有參轉錄能夠直接通過結果文件找到目的基因的名稱及相關信息，無參轉錄則需要通過BlastX進行比對尋找。
2、能否通過轉錄組研究找到針對某一特定功能的基因，以及分析它的表達情況?
可以。轉錄組分析通過GO數(shù)據(jù)庫比對，能夠得到與GO數(shù)據(jù)庫中不同功能相關的基因信息，以及其在實驗組中的上、下調(diào)情況
3、可變剪切都有些什么剪切，通過轉錄組分析我能得到什么?
可變剪切共分為5種：SE(外顯子跳躍)、RI(內(nèi)含子滯留)、MXE(外顯子互斥)、A5SS(5‘端外顯子可變剪切)以及A3SS(3’端外顯子可變剪切)?？勺兗羟惺钦{(diào)節(jié)基因表達和產(chǎn)生蛋白質(zhì)組多樣性的重要機制，同時也是轉錄組研究的一個重要內(nèi)容。轉錄組分析能夠分析出某一特定可變剪切所處的基因名稱，染色體位置，在不同樣本之間的表達量差異以及差異顯著性等
4、SNP、Indel主要指什么?
SNP和Indel分別指單核苷酸多態(tài)性(單堿基變異)和核苷酸插入缺失(多堿基插入/缺失)，表明了實驗組在經(jīng)過處理后的基因變異情況。通過轉錄組研究能夠得到不同基因不同位點上發(fā)生的變異和影響情況，對腫瘤等研究具有重要意義。
結果展示：
圖一：差異基因篩選?；鹕綀D能夠直觀的展示具有顯著性差異表達的基因數(shù)目
圖二：數(shù)據(jù)質(zhì)控。測序得到的原始測序序列(Sequenced Reads)或者raw reads，里面含有帶接頭的、低質(zhì)量的reads，為了保證信息分析質(zhì)量，必須對raw reads過濾，得到clean reads，后續(xù)分析都基于clean reads。在測序過程中會存在一定的錯誤率，測序錯誤率分布檢查可以反映測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
16S/18S/ITS擴增子測序常見問題：
1、擴增子與宏基因組的差別?
擴增子主要分為16S、18S、ITS測序，關注環(huán)境樣本中的物種組成，該技術物美價廉，實用性高。宏基因組關注環(huán)境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息，該技術深入挖掘環(huán)境樣本功能層面的信息。
2、樣本送到公司，什么時候可以拿到結果?
自樣本檢測合格之后開始計算周期，包括建庫、測序、數(shù)據(jù)分析、結題。擴增子周期一個月左右。
3、擴增子測序主要能夠得到的結果有哪些?
擴增子測序主要是能夠不通過分離篩選，直接提取環(huán)境中的總DNA進行測序，得到某一生態(tài)環(huán)境或處理中微生物群落的物種分布、α多樣性(樣本內(nèi))以及β多樣性(樣本間);同時，當樣本來自于環(huán)境如土壤、水樣等，還可以分析環(huán)境因子與該樣本內(nèi)物種之間的關聯(lián)性。
結果展示：
圖三。物種進化樹。能夠得到屬水平前100屬的代表序列間的遠近關系及在不同樣本間的豐度信息。
圖四：PCA主成分分析。能夠最大程度反映樣本間差異。如果樣本的群落組成越相似，則它們在PCA圖中的距離越接近。
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